上海嘉定综合保税区前身为上海嘉定出口加工区，2005年6月经国务院批准设立，2008年4月封关运作。2020年5月，国务院批准同意上海嘉定出口加工区整合优化为上海嘉定综合保税区，核准面积0.95平方公里。同年11月，海关总署批复上海嘉定综合保税区验收通过。12月，上海嘉定综合保税区正式挂牌。

上海嘉定综合保税区实施封闭监管，以保税加工、保税物流和保税服务为基本功能，并赋予配套的特定税收、监管政策的特定功能区，是目前目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的海关特殊监管区域，集保税区、保税物流园区、出口加工区、港口功能于一身，是服务国际国内两个市场，统筹利用国际国内两种资源，发展开放型经济的重要平台。2014年园区获批上海市“跨境电商试点园区”。2017年底，被上海跨境电商协会评为2014—2017年度“最佳跨境电商园区”。2018年，被市商务委列为中国国际进口博览会“6天+365天”常年展示交易平台。2020年，荣获首批“嘉定区特色产业园区”。